内部市场化管理是一种全新的管理模式，会出现一些由于体制原因而导致的具体问题，能否妥善处理，关系着企业实行内部市场化管理的效果。总体而言，问题主要表现在以下几方面：

一、市场化不完全导致市场机制作用受到限制。

由于企业内的市场主体不具备像市场中的主体那样完全的法律地位，内部市场主体也存在交易地位的不平等，内部市场主体的资金使用也受到企业的总体限制，并且内部交易价格的制定并非完全由市场决定，这些因素导致内部市场化中市场机制的作用受到限制。企业内部的市场只能是一种不完全的市场，内部竞争也只能是有限的竞争，必须服从和服务于企业整体利益，否则企业就失去了企业自身的意义。关键是企业要建立良好的权衡机制，平衡好市场机制和权威机制的关系，促使二者的有机融合，避免割裂和对立。

二、分权程度增大导致管理难度增大。

内部市场化表现为更大程度上的分权，各交易主体将获得更多独立经营权和资金调配使用权，这样，企业高层对企业的控制将主要是战略规划、财务制度、内部价格、企业文化、管理审计、奖惩政策、兼并整合等方面运用行政手段做出调控，监管上难以面面俱到，从而导致信息不对称造成管理困难。因此，企业应根据规模、行业特点、所有制特征及制度建设的完善程度等确定本企业的分权程度，并要在管理审计、奖惩政策、绩效考核和人事管理等方面增强导向性，发挥制约作用，既利用分权来增强企业活力，又充分保证企业的整体战略目标实现。

三、内部市场价格制定不合理引发内部矛盾。

价格机制是市场机制的核心内容，价格的变动会引起相关经济单位之间的利益重新分配和组合。内部市场化中价格并不完全是市场主体间公平博弈的结果，这是因为不同主体经营范围受到限制而产生不对等的讨价还价能力，容易产生不能反映内部主体的真实经营业绩，因此企业最高管理层必须对内部市场价格在外部市场价格的基础上作适当调整，这种调整也就是内部市场价格规则的制定过程，制定的是否合理，直接关系企业是否能够有效协调由此产生的种种矛盾。

四、激励过度的问题。

内部市场化管理是一种有效的激励手段，可以激励员工努力工作以获得更高的收入，并且得到晋升的机会，但是如激励过度，会导致员工长期精神紧张，不安全感加重，导致员工之间的合作关系减弱。因此进行内部市场化过程中应当注重企业文化建设，增强员工对企业目标的趋同感，提高企业文化的凝聚力，培养员工在竞争中团结协作的正确观念，并通过设置适当的考核体系缓解压力，避免激励过度导致的种种不良反应。